Hoewel katholieke scholen de (grondwettelijke) vrijheid hebben hun eigen identiteit in de verf te zetten en hiertoe bijvoorbeeld Rooms-katholieke godsdienst kunnen inrichten, mag deze vrijheid niet ten koste gaan van andere rechten en vrijheden, zoals de individuele godsdienstvrijheid, het recht op arbeid en het principe van non-discriminatie. Door het overwicht aan katholieke scholen in Vlaanderen én door de eis om gedoopt te zijn, komen deze rechten en vrijheden echter in het gedrang.
